MovableTypeのバージョンが3.2にあがって以前の3.1７から書き方が変わってます。
　　　【補足】エントリーで色ボタン設定（３．１７バージョン）

まずやりたい事ですがMovableTypeの新規エントリー画面は

のようになっていて、色の指定に<font color=～>とタグを書かなくてはいけません…
そこで

のように新規エントリー画面に色指定できるボタンを作成します。

作業は３点あります。
１．イメージファイルをアップロード
　/cgi/mt/mt-static/imagesの配下に画像gifをアップロードします。

この画面で使っている画像です。
もし使われるようならダウンロードしてください。

２．/cgi/mt/tmpl/cms/edit_entry.tmplを修正

348行目からがエントリーの内容、376行目からが追記のボタンを決めています。
まず348行目

write('<a title="<MT_TRANS phrase="Bold">" href="#" onclick="return formatStr(document.entry_form.text_more, \'strong\')"><img src="<TMPL_VAR NAME=STATIC_URI>images/html-bold.gif" alt="<MT_TRANS phrase="Bold">" width="22" height="16" /></a>');

write('<a title="<MT_TRANS phrase="DarkRed">" href="#" onclick="return formatColorStr(document.entry_form.text, \'990000\')"><img src="<TMPL_VAR NAME=STATIC_URI>images/darkred.gif" alt="<MT_TRANS phrase="darkred">" width="22" height="16" /></a>');

を追記します。

次に376行目に

write('<a title="<MT_TRANS phrase="DarkRed">" href="#" onclick="return formatColorStr(document.entry_form.text_more, \'990000\')"><img src="<TMPL_VAR NAME=STATIC_URI>images/darkred.gif" alt="<MT_TRANS phrase="darkred">" width="22" height="16" /></a>');

３．/cgi/mt/mt-static/mt_ja.jsを修正

場所はfunction formatStr (e, v) {の上あたりに

function formatColorStr (e, v) {
if (!canFormat) return;
var str = getSelected(e);
if (!str) return;
setSelection(e, '<font color="#' + v + '">' + str + '</font>');
return false;
}

を追記します。

以上で完成です。

さらに色を追加したい時は
１．ボタンは作成してください。（ペイントで簡単にできます。）
２． /cgi/mt/tmpl/cms/edit_entry.tmplで追加したコードの上に

write('<a title="<MT_TRANS phrase="DarkRed">" href="#" onclick="return formatColorStr(document.entry_form.text, \'990000\')"><img src="<TMPL_VAR NAME=STATIC_URI>images/darkred.gif" alt="<MT_TRANS phrase="darkred">" width="22" height="16" /></a>');

を自分が追加したい色に変更して追加してください。

３.は必要ありません。

おまけ
作業の確認をすると、

　１．表示する画像をアップロードしています。

　２．管理画面のを編集しています。（HTMLにコードを足しているのと同じです。）

　３．javascriptでプログラムを追加しています。